В предыдущем выпуске: Благодаря воле случая и канистре таинственного вещества, пятнадцать лет назад четыре маленьких черепашки и ручная крыса Сплинтер мутировали в разумных человекоподобных существ. Сплинтер стал наставником и отцом юных черепашек и дал им имена: Леонардо, Рафаэль, Микеланджепо и Донателло. Убежище Черепашек и Сплинтера подвергается нападению Маузеров, механических роботов, созданных безумным ученым Бакстером Стокманом. В результате ожесточенной схватки злодей оказывается повержен, но раненый мастер Сплинтер исчезает без вести. Поиски Сплинтера приводят юных мутантов в здание с аббревиатурой T.C.R.I., которая некогда значилась на канистре с таинственной жидкостью, сделавшей их теми, кто они есть. Подвергшись нападению загадочных и похожих на мозги существ. Черепашки активируют таинственное устройство, которое переносит их в далекий космос, на планету Д'Хуниб. Здесь они знакомятся с профессором Ханекаттом - выдающимся ученым, заключенным в тело робота и объявленным беглецом - Фуджитоидом. Обладая знаниями о создании тепепортирующего устройства Трансмата, способного стать грозным оружием, Ханекатт становится лакомым куском для враждующих между собой рас людей Федератов и динозавроподобных Трицератонов. Встав на защиту Ханекатта, единственного их билета домой. Черепашки оказываются на корабле Трицератонов, в вакууме и невесомости...