Тысячу лет назад Землю уничтожила раса Гауна - гигантские практически неуязвимые пришельцы. "Сидония" - один из межзвездных кораблей-городов, на которых выжившие люди странствуют по космосу и ищут новый дом. Одновременно жителям "Сидонии" приходится отбиваться от нападений Гауна - для этого созданы специальные роботы, Стражи. Нагатэ Таникадзэ вырос на заброшенных нижних уровнях "Сидонии". Случайно оказавшись наверху, он был обнаружен военными, которые заметили в юноше талант к управлению боевыми механизмами и назначили его пилотировать "Цугумори" - Стража старой модели. Теперь Нагатэ и его собратьям-пилотам предстоит выжить в почти безнадежной войне против Гауна...